Aggiungere le cipolle a dadini e soffriggere per 10 minuti mescolando. Abbassare la fiamma e cuocere le cipolle senza coperchio per altri 15-20 minuti, mescolando di tanto in tanto, finché non saranno tenere, dorate e caramellate.
Riportare la fiamma a medio-alta. Aggiungere il riso e tostarlo, mescolando, per circa 1-2 minuti.
Aggiungere il brodo di pollo (o vegetale), il latte, la noce moscata, il sale e il pepe e mescolare per amalgamare. Cuocere fino a quando il riso non raggiunge un leggero bollore, quindi abbassare la fiamma a medio-bassa. Coprire e cuocere a fuoco lento per 18-20 minuti, finché tutto il liquido non sarà stato assorbito. Togliere dal fuoco e aggiungere il timo e 120 g di mozzarella.
Trasferire il riso nella pirofila preparata e distribuirlo uniformemente, compattandolo. Completare il riso con uno spesso strato di fette di zucchine disposte a forma di capesante, leggermente sovrapposte. Cospargere con la restante 120 g di mozzarella e il Parmigiano.
Cuocere in forno per 25-30 minuti, finché non si formano le bollicine e la superficie è dorata. Lasciare riposare per 5-10 minuti prima di servire. Guarnire con altro timo.